本系列文前20篇以次世代定序(NGS) 16S rRNA分析教學為主,
並以相同範例檔案貫穿各篇,
分析流程具有脈絡順序,建議以此目錄參考,
作者撰寫時是位不務正業的碩士生,如內容有任何問題請不吝賜教 :
[Day 03] 第一代定序與 NGS 次世代定序原理 (Illumina)
[Day 04] 公開文獻的序列下載工具 Python bioinfokit + SRA Toolkit : 16S rRNA 為例
[Day 06] NGS QIIME2 : 安裝與製作輸入檔案 (Manifest & Metadata)
[Day 07] NGS QIIME2 : 定序資料加工壓縮 (Artifacts) 與概述 (Overview) 視覺化
[Day 08] NGS QIIME2 : DADA2 序列品質管制 (Quality control) 與視覺化
[Day 09] NGS QIIME2 Debugging : DADA2 序列品質管制 (Quality control) 常見剪切 (Trimming) 錯誤
[Day 10] NGS QIIME2 : 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) (上-概念篇)
[Day 11] NGS QIIME2 : 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) 及繪製分類柱狀圖 (下-實作篇)
[Day 12] NGS QIIME2 : 繪製 Krona 動態圓餅圖及 Top N 分類柱狀圖與比較
[Day 13] NGS QIIME2 : 繪製親緣關係樹 (Phylogenic tree) 與 iTOL 應用
[Day 14] NGS QIIME2 : 繪製熱圖 (Heat map)
[Day 15] NGS QIIME2 : 統計分析前樣本的取捨 - 取樣深度 (Sampling depth)
[Day 16] NGS QIIME2 : 分析與繪製組內物種多樣性 (Alpha diversity) (上)
[Day 17] NGS QIIME2 : 分析與繪製組內物種多樣性 (Alpha diversity) (下)
[Day 18] NGS QIIME2 : 分析與繪製組間物種多樣性 (Beta diversity)
[Day 19] NGS QIIME2 : 分析與繪製微生物基因功能預測 PICRUSt2 + STAMP (上)
[Day 20] NGS QIIME2 : 分析與繪製微生物基因功能預測 PICRUSt2 + STAMP (下)
[Day 31] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (上-原理與安裝)
[Day 32] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (中-實作)
[Day 33] NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (下-配色)
整理分析流程中產出的常見圖檔供索引。